Sekwencjonowanie

width=300Sekwencjonowanie przeprowadzono dla czterech członków rodziny. W skrócie, genomowy DNA (około 1,5 ug) dla każdego członka poddano fragmentacji do średniej wielkości 350 bp i poddano tworzeniu biblioteki DNA stosując ustalone protokoły Illumina. Biblioteki przyłączone do ligandu amplifikowano i zindeksowano za pomocą PCR. Następnie bibliotekę hybrydyzowano z biblioteką NimbleGen SeqCap EZ Exome Capture Kit (44M, Roche, Madison, USA) i masowo równoległym sekwencjonowaniem w 90-zasadnych parach przeprowadzono na Illuminie HiSeq 2000, zgodnie z protokołami producenta. Odczyt mapowania i analizy wariantów jest następujący. Surowe odczyty o niskiej jakości lub zawierające adaptery zostały odfiltrowane przed mapowaniem. W przypadku wywoływania SNP odfiltrowane odczyty zostały dostosowane do referencji ludzkiego genomu (UCSC hg19) za pomocą pakietu Short Oligonucleotide Analysis Package (SOAP, V.2.21), a następnie do analizy SNP zastosowano oprogramowanie SOAPsnp (V.1.05). Wyeliminowano SNP o niskiej jakości z oceną jakości genotypu mniejszą niż 20 lub głębokość sekwencjonowania była mniejsza niż 4. W przypadku wywołania indel, do wyrównania użyto Burrows-Wheeler Aligner. Zduplikowane odczyty zostały oznaczone przy użyciu zestawu narzędzi Picard, a zestaw Genome Analysis Tool Kit (GATK) został użyty do wywołania małych indeli.
[podobne: konizacja chirurgiczna szyjki macicy, koronografia ryzyko, kostniak leczenie ]